Quando a tragédia está prestes a acontecer, Satoru Fujinuma é mandado de volta vários minutos antes do acidente ocorrer. O independente artista de mangá de 29 anos aproveitou esse fenômeno poderoso, porém misterioso, que ele chama de “Revival”, para salvar muitas vidas.

No entanto, quando é injustamente acusado de assassinar alguém próximo a ele, Satoru é enviado de volta ao passado mais uma vez, mas desta vez para 1988, 18 anos atrás. Logo, ele percebe que o assassinato pode estar ligado ao sequestro e assassinato de um de seus colegas de classe, o solitário e misterioso Kayo Hinazuki, ocorrido quando ele era criança. Esta é sua chance de consertar as coisas.

Boku dake ga Inai Machi segue Satoru em sua missão de descobrir o que realmente aconteceu há 18 anos e evitar a morte de seu colega de classe enquanto protege aqueles com quem ele se preocupa no presente.