A lenda conta que quando a Terra foi destruída, o grande relojoeiro Y fez uma substituição de engrenagens e engrenagens. Naoto Miura é um jovem que aspira ser um grande relojoeiro. No entanto, apesar do seu talento único – uma audição sensível que pode compreender imediatamente a mecânica de um relógio apenas a partir do ruído – ele fez pouco progresso. Mas isso muda quando um caixão cai do céu em seu apartamento, revelando RyuZU, uma mulher autômato forjada pelo próprio Y.

A notícia da chegada de RyuZU traz Marie Bell Breguet, a talentosa herdeira de uma distinta linhagem de relojoeiros, e seu guarda-costas ciborgue Vainney Halter também para a vida de Naoto. Quando ela e Naoto se envolvem em uma batalha cheia de ação por suas vidas, eles descobrem uma verdade incômoda: o planeta mecânico em que a humanidade vive há mais de um milênio está começando a desmoronar – um segredo que muitas pessoas matarão para proteger.