O crime é atemporal. No ano de 2071, a humanidade expandiu-se por toda a galáxia, enchendo a superfície de outros planetas com assentamentos como os da Terra. Estas novas sociedades são atormentadas por assassinatos, uso de drogas e roubos, e os bandidos intergalácticos são caçados por um número crescente de caçadores de recompensas durões.

Spike Spiegel e Jet Black perseguem criminosos pelo espaço para ganhar uma vida humilde. Por trás de seu comportamento bobo e indiferente, Spike é assombrado pelo peso de seu passado violento. Enquanto isso, Jet gerencia suas próprias memórias perturbadas enquanto cuida de Spike e do Bebop, seu navio. A dupla é acompanhada pela bela vigarista Faye Valentine, pelo estranho filho Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV e por Ein, um corgi galês criado pela bioengenharia.

Enquanto desenvolvem laços e trabalham para capturar um elenco colorido de criminosos, a vida da tripulação do Bebop é perturbada por uma ameaça do passado de Spike. À medida que a trama maníaca de um rival continua a desvendar-se, Spike tem de escolher entre viver com a sua nova família ou vingar-se das suas antigas feridas.