Em 2024, ocorreu o incidente terrorista conhecido como "O Incidente do Homem Rindo", no qual Ernest Serano, presidente da inovadora empresa de micromáquinas, Serano Genomics, foi sequestrado e resgatado. Um dia, com o caso sem solução por seis anos, o Detetive Yamaguchi, que está investigando o "Incidente do Homem Rindo", manda avisar que deseja se encontrar com Togusa da Seção 9 de Segurança Pública. Porém, logo após enviar esta mensagem, Yamaguchi, crucial para o sucesso do caso, morre em um acidente. Muitos dias se passam e no meio de uma entrevista policial sobre suspeitas por trás de interceptadores, um aviso é recebido de "The Laughing Man" sobre seu próximo crime. O hacker incorpóreo começa a se mover novamente.