Num futuro distante, a humanidade está sob ataque do Império Abh, uma raça de seres humanóides avançados que possuem tecnologia muito superior. À medida que incontáveis ​​mundos caem nas mãos do Abh, a humanidade estabelece a Aliança das Quatro Nações – uma facção de resistência composta pela Humanidade Unida, a República da Grande Alcont, a Federação de Hania e o Soberano Popular dos Planetas da União.

Seikai no Monshou conta a história de Jinto Linn. Quando ele era jovem, seu pai – o presidente de Martine – vendeu o mundo deles em troca de uma posição elevada no império. Agora um jovem conde, Jinto deve aprender os costumes da nobreza Abh e viver entre aqueles que subjugaram seu povo. Ajudando-o está Lafiel Abriel, uma austera princesa Abh de quem Jinto rapidamente se torna amigo. Ao viajar para a nova escola de Jinto na terra natal de Abh, sua nave é pega em uma violenta batalha espacial entre as frotas da Aliança e do Abh. Jinto e Abriel são lançados no conflito, sem saber que esta escaramuça marca o início de uma guerra em grande escala entre o Império Abh e a humanidade.