Há seis meses, Lord Hugh Anthony Disward, também conhecido como Huey, perdeu seu excêntrico avô, Sir Wesley Disward, que era um renomado colecionador de livros raros. O testamento de seu avô afirma que, para herdar sua mansão e tudo dentro dela, ele deve assumir a tutela da Biblioteca Mística de Dantalian - um arquivo que contém conhecimentos proibidos - e também cuidar de uma garota misteriosa chamada Dalian.

Enquanto Huey se instala na mansão, um antigo rival de seu avô marca um encontro com ele. Dalian, sabendo que o rival é o assassino de Wesley, vai junto e descobre que o assassino está de posse de um Livro Fantasma - um livro amaldiçoado que Wesley tentou selar. Quando o livro coloca os dois em perigo, Huey descobre que a Bibliotheca Mystica de Dantalian e Dalian são a mesma coisa, e ela confia a Huey a chave para desbloquear o conhecimento armazenado dentro dela. Juntos, Dalian e Huey selam o livro e assim iniciam uma parceria improvável enquanto resolvem mistérios causados ​​por outros Livros Fantasmas.