Juna Ariyoshi é uma estudante japonesa comum, que possui uma curiosidade infantil e uma forte admiração pela natureza. Um dia, durante uma viagem com o namorado, Tokio Oshima, Juna morre em um acidente de moto. No entanto, ela tem a chance de viver por um indivíduo chamado Chris Hawken. Ele oferece a ela poderes que fazem dela o avatar do tempo; em troca, ela deve lutar para proteger a Terra das forças do mal chamadas raaja, que nascem da poluição tóxica que os seres humanos causaram.

Ela logo descobre que esta não é uma tarefa fácil. Ao mesmo tempo que tenta dominar os seus novos poderes, ela também deve procurar respostas para questões profundas sobre as formas como a ciência e a tecnologia eliminaram as ligações primitivas e instintivas dos humanos com a natureza. Com a ajuda de Chris, de sua assistente Cindy Klein e de uma poderosa organização internacional chamada SEED, cabe a Juna superar seus medos e encontrar uma maneira de impedir que o raja destrua tudo e todos que ela ama.