O gênio da ciência do ensino médio, Makoto Mizuhara, está trabalhando em seu mais novo projeto em preparação para o festival escolar, ao lado de seu melhor amigo Nanami Jinnai. O irmão de Nanami e rival de longa data de Makoto, o inescrupuloso presidente do conselho estudantil Katsuhiko Jinnai, está sob escrutínio por administrar mal o planejamento do festival escolar e está convencido de que Makoto está planejando roubar sua posição. Uma noite, enquanto Makoto e Nanami fazem uma pausa com seu professor Masamichi Fujisawa, Jinnai entra furtivamente no laboratório de ciências e sabota o dispositivo de Makoto, que de repente abre um portal que lança os quatro para outro mundo!

Ao chegar, Makoto é imediatamente atacado por uma horda de monstros insetos gigantes. Enquanto fugia deles, ele encontra Fujisawa e uma garota chamada Rune Venus. Depois que Fujisawa luta contra os monstros, um grupo de dignitários chega em busca de Rune, sua princesa. Eles informam Makoto e Fujisawa que estão em um mundo chamado El-Hazard e os levam de volta ao palácio de Roshtaria, seu reino. Embora seus conselheiros suspeitem dos recém-chegados, Rune decreta que eles devem ser tratados como convidados e rapidamente faz amizade com Makoto. Sem saber que Nanami e Jinnai também estão neste mundo, Makoto começa a trabalhar tentando descobrir um caminho de volta à Terra.