Em fevereiro de 1999, uma série de assassinatos deixou Shiki Ryougi e Mikiya Kokutou nervosos. Esses crimes compartilham uma semelhança perturbadora com um conjunto semelhante de homicídios ocorridos em 1995, quando Shiki e Mikiya se conheceram, e despertam um desejo sombrio e assassino que está adormecido na alma de Shiki desde então.

Com Shiki sob suspeita devido ao seu envolvimento nos assassinatos anteriores e suposta semelhança com o assassino, ela e Mikiya partem em busca do verdadeiro perpetrador. No meio de suas investigações separadas, Mikiya fica cada vez mais preocupada com o bem-estar de Shiki e se apressa para encontrar o responsável, a fim de proteger Shiki de seus próprios impulsos. Com a pista que recebe de seu primo, o investigador policial Daisuke Akimi, Mikiya é levado ao ponto fraco da cidade de Mifune, já que a salvação da alma de Shiki reside em sua determinação de provar sua inocência de uma vez por todas.