Quando a ameaça da ameaça dos Anjos aumenta, a força de defesa da humanidade é levada ao seu limite, com a NERV na vanguarda da luta. Shinji Ikari e sua parceira Rei Ayanami são auxiliados por dois novos pilotos: a impetuosa Asuka Langley Shikinami e a misteriosa Mari Illustrious Makinami.

Com a ajuda das suas unidades mecanizadas Evangelion, equipadas com armas perfeitas para enfrentar os seus adversários monstruosos, as quatro jovens almas lutam desesperadamente para proteger os seus entes queridos e evitar um apocalipse iminente. Mas quando segredos surpreendentes são revelados, será que o maior desafio dos heróis serão os monstros... ou a própria humanidade?