Acordando e se encontrando em uma versão paralela da cidade de Fuyuki, Illyasviel “Illya” von Einzbern está perdida e sozinha. Ela descobre sua casa em ruínas, com uma enorme cratera no centro de sua cidade natal. Com a neve caindo em pleno verão, a confusão consome a jovem estudante do ensino fundamental, que não sabe onde podem estar seus amigos ou sua varinha Ruby.

Chegando aos restos de sua casa, ela é repentinamente abordada por uma garota amnésica. Vestindo um uniforme de ginástica enquanto a temperatura gelada aumenta, a garota misteriosa não tem ideia de onde está ou por que apareceu. No entanto, esse estranho, conhecido como Tanaka, aparentemente tem informações sobre a localização de Rin Toosaka, Miyu Edelfelt e do resto dos amigos desaparecidos de Illya.

Fugindo dos agentes da família Ainsworth⁠ – aqueles que controlam este reino paralelo – onde esses dois irão parar e como Illya restaurará o presente de volta ao mundo que ela conheceu?