A Guerra do Santo Graal é uma batalha real entre sete magos que servem como Mestres. Os Mestres, através do uso dos selos de comando que recebem quando entram na guerra, comandam Espíritos Heróicos conhecidos como Servos para lutar por eles na batalha. Na Quinta Guerra do Santo Graal, Rin Toosaka está entre os magos que participam da competição. Com seu servo, Archer, ela espera obter o prêmio final: o Santo Graal, um artefato mágico capaz de realizar qualquer desejo ao seu portador.

Um dos colegas de Rin, Shirou Emiya, acidentalmente entra na competição e acaba comandando um Servo próprio conhecido como Saber. Ao enfrentarem inimigos mútuos, Rin e Shirou decidem formar uma aliança temporária enquanto desafiam seus oponentes na Guerra do Santo Graal.