A descoberta de um hiperportão na Lua permitiu que a raça humana se teletransportasse para Marte. Aqueles que optaram por se estabelecer lá descobriram uma tecnologia muito mais avançada do que a do seu planeta natal, que chamaram de “Aldnoah”. Esta descoberta levou à fundação do Império Vers de Marte e a uma declaração de guerra contra os “terráqueos”, aqueles que ficaram para trás na Terra. No entanto, uma batalha na lua - mais tarde chamada de "Queda do Céu" - fez com que o hipergate explodisse, destruindo a lua e levando os dois planetas a estabelecer um cessar-fogo desconfortável.

Contudo, a paz deles era frágil. Quinze anos depois, o estudante do ensino médio Inaho Kaizuka testemunha o planejado assassinato da Princesa Asseylum Vers Allusia do Império Vers, que veio à Terra na esperança de reparar a relação entre o império e sua terra natal. O cessar-fogo é quebrado e os marcianos declaram guerra aos terráqueos mais uma vez. Diante deste inimigo intransponível, Inaho e seus amigos devem agora lutar contra o Império Vers para resolver a guerra de uma vez por todas.