A Quinta Guerra do Santo Graal na cidade de Fuyuki atingiu um ponto de viragem em que as vidas de todos os participantes estão ameaçadas à medida que o inimigo oculto finalmente se revela. À medida que Shirou Emiya, Rin Toosaka e Illyasviel von Einzbern descobrem a verdadeira natureza corruptora da sombra que assola a cidade, eles percebem o quão terrível é a situação. Para proteger seus entes queridos, o grupo deve resistir à força inimiga aparentemente intransponível – mesmo que alguns desses inimigos já tenham sido seus aliados, ou talvez algo mais íntimo.

À medida que o ato final desta guerra caótica começa, os ideais que Shirou acredita serão em breve desafiados por um dilema doloroso: será realmente possível salvar um mundo onde tudo parece ter corrido mal?