O mundo está em paz desde o estabelecimento do sistema Fractale. Sustentadas pelos terminais Fractale implantados nos seus corpos, as pessoas vivem isoladas, livres para se concentrarem nos seus próprios interesses. Clain Necran passa seus dias coletando relíquias tecnológicas da época anterior à introdução do Fractale. A única companhia que ele mantém são os Doppels de seus pais, ou clones holográficos avançados.

Clain logo conhece Friné - a primeira garota humana que ele conheceu - e instantaneamente a acha fascinante. No entanto, Friné está sendo perseguida pelo grupo anti-Fractale conhecido como The Lost Millenium, e ela deixa um estranho artefato aos cuidados de Clain antes de desaparecer. Decidindo que precisa resgatar Friné e devolver seus pertences, Clain sai em busca dela. Sua jornada o leva profundamente ao coração do sistema Fractale, onde aprender a verdade por trás dele representa mais perigo para ele do que ele poderia imaginar.