Kanji Sasahara é um introvertido calouro de faculdade que está apenas procurando um lugar para se encaixar. Um dia, ele se depara com o clube conhecido como Sociedade para o Estudo da Cultura Visual Moderna - também conhecido como Genshiken - que serve para reunir todo o espectro da cultura otaku. Sua primeira visita ao clube, no entanto, não termina bem, pois o orgulho de Sasahara é esmagado por seu superior, Harunobu Madarame, e ele sai da reunião negando totalmente sua natureza otaku. No entanto, depois de fazer amizade com Makoto Kousaka, membro do clube, que acaba por ser um otaku hardcore apesar de sua aparência, Sasahara se envolve mais com atividades do clube que incluem ficar obcecado por seu anime favorito, ler doujinshi e participar de convenções. Lá, ele conhece outras pessoas interessantes, como a namorada veementemente não-otaku de Kousaka, Saki Kasukabe, que se esforça para transformar seu namorado em um “cara normal”.

Enquanto Saki luta para entender a cultura otaku e o amor de seu namorado por ela, Sasahara se vê aproveitando seu tempo em Genshiken, gradualmente abandonando qualquer negação que já teve sobre ser um otaku e mergulhando em um estilo de vida otaku.