Num futuro não tão distante, a humanidade avançou para um estado em que é possível o transplante completo do corpo, da carne para a máquina. Isto permite grandes aumentos nas proezas físicas e cibernéticas e confunde as linhas entre os dois mundos. No entanto, os criminosos também podem tirar pleno partido desta tecnologia, conduzindo a crimes novos e, por vezes, muito perigosos. Em resposta a estes métodos inovadores, o governo japonês criou a Secção 9, uma unidade policial que funciona de forma independente e que lida com estes crimes altamente sensíveis.

Liderada por Daisuke Aramaki e Motoko Kusanagi, a Seção 9 trata desses crimes em todo o espectro social, geralmente com sucesso. No entanto, quando confrontados com um novo hacker de nível A apelidado de “The Laughing Man”, a equipe é lançada em um perigoso jogo de gato e rato, seguindo o rastro do hacker enquanto ele deixa sua marca no Japão.