O ano é 2045 e a inteligência artificial passou por enormes desenvolvimentos. Os governos utilizam-nos como armas, envolvendo-se em guerras sem fim para sustentar as suas economias. O grupo mercenário GHOST, liderado pela Major Motoko Kusanagi, não é estranho a esta paisagem. No entanto, a rápida inovação desta tecnologia faz com que uma nova ameaça surja no horizonte.

Tendo deixado a Secção 9 de Segurança Pública, Kusanagi e o seu grupo estão envolvidos em muitas operações em todo o mundo relacionadas com estas guerras por procuração. Mas uma tarefa aparentemente simples de localizar um traficante de armas arrasta o GHOST para um conflito oculto contra indivíduos ciberneticamente aprimorados, que inexplicavelmente ganharam inteligência e habilidades físicas extremas. Apelidados de “pós-humanos”, seu surgimento desencadeia uma cadeia de eventos que levam à reunião da Seção 9. Armados com uma nova missão, cabe a Kusanagi e sua equipe restabelecida evitar o caos global nas mãos desses pós-humanos.