Ambientado no ano de 2029 e após a III e IV Guerras Mundiais, um bloco asiático liderado pelos japoneses domina os assuntos mundiais. A aliança mantém a sua supremacia internacional através da sua força de segurança de elite, cujos agentes ciberneticamente melhorados enfrentam uma série de terroristas de alta tecnologia e outras ameaças à segurança internacional. Esses agentes aumentados podem "hackear fantasmas" (ou seja, baixar sua consciência) através da agora onipresente Internet em outras máquinas e raças cruzadas entre humanos e máquinas.

A Major Motoko Kusanagi, uma agente feminina ciberneticamente aprimorada, tem rastreado uma entidade virtual conhecida como Puppet Master com seu esquadrão de agentes de segurança. O mutante Puppet Master, uma criação desonesta de uma agência rival do aparelho de segurança, concluiu que é uma forma de vida por direito próprio, "nascida num mar de informação", e solicitou asilo político e verdadeira existência física, desafiando os seus criadores.