2034 DC. Já se passaram dois anos desde que Motoko Kusanagi deixou a Seção 9. Togusa é agora o novo líder da equipe, que aumentou consideravelmente seu pessoal nomeado. A nova Seção 9 expandida enfrenta uma série de incidentes complicados, e as investigações revelam que um hacker ultra-bruxo chamado Puppeteer está por trás de toda a série de eventos.

No meio de tudo, Batou, que acompanhava o caso em uma pista separada, encontra Motoko. Ela vai embora depois de dizer: “Fique longe da Sociedade do Estado Sólido”. Batou fica com uma dúvida em mente. Motoko poderia ser a marionetista?

A série de incidentes intrigantes que a Seção 9 enfrenta gradualmente se interliga de forma quase artística. Quem é o Titereiro? O que acontecerá com o relacionamento de Batou com Motoko? Qual é a verdade por trás deste crime perfeito cuidadosamente planejado? E qual será o resultado? Mistérios cercam a Sociedade do Estado Sólido...