Amaumi Haruhiko é uma estudante do ensino médio que frequenta a Shimano Academy em uma cidade chamada Narasakicho. Narasakicho contém um arco-íris desconhecido que constantemente domina a cidade e está relacionado à concessão de um desejo mágico chamado "Presente". O presente é um presente único na vida entre duas pessoas.

Quando criança, Haruhiko foi próximo de seu amigo de infância, Kirino, até obter uma nova irmã sem sangue chamada Riko. Haruhiko desenvolve um forte relacionamento com Riko até que eles partem devido ao fato do pai de Haruhiko não poder mais sustentar os dois.

Depois de algum tempo, Riko finalmente retorna à cidade de Narasakicho, e junto com Kirino, começa a frequentar a Academia Shimano com Haruhiko. A série gira em torno da relação entre esses protagonistas principais e aos poucos revela a história por trás de Gift e do arco-íris.