O ano é 2071. A humanidade foi levada à beira da extinção após o surgimento de monstros devoradores de homens chamados "Aragami", que possuem imunidade ao armamento convencional. Eles devastaram a terra, consumindo quase tudo em seu caminho e não deixando nada em seu rastro. Para combatê-los, uma organização chamada Fenrir foi formada como um último esforço para salvar a humanidade através do uso de "God Eaters" - humanos especiais infundidos com células Oráculo, permitindo-lhes empunhar o Arco Divino, a única arma conhecida capaz de matar um Aragami. Um desses God Eater é Lenka Utsugi, um Novo Tipo cujo God Arc assume a forma de lâmina e arma.

Agora, como uma das maiores armas de Fenrir, Lenka deve dominar seu Arco Divino se quiser cumprir seu desejo de exterminar os Aragami de uma vez por todas. Os monstros continuam a nascer em massa enquanto os remanescentes da humanidade lutam para sobreviver à noite. Somente God Eaters estão entre os Aragami e a aniquilação completa e total da raça humana.