Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki e Fuu Hououji são estranhos reunidos pelo destino quando se encontram durante uma viagem de campo aparentemente normal à Torre de Tóquio. Acompanhados por um grande clarão de luz, eles ouvem o apelo de uma mulher misteriosa para salvar "Cephiro", e as heroínas do ensino médio são repentinamente arrastadas por um peixe voador gigante. Depois, eles chegam a uma terra desconhecida, onde encontram um homem chamado Mestre Mago Clef.

Clef informa às meninas que elas foram convocadas pela Princesa Emeraude para cumprirem seus destinos como Cavaleiros Mágicos, restaurando a paz e o equilíbrio em Cephiro. A terra antes animada e pacífica está em desordem desde que o Sumo Sacerdote Zagato aprisionou a princesa, que atuou como pilar de estabilidade de Cephiro. Os Cavaleiros Mágicos aceitam relutantemente as palavras de Clef como verdade e embarcam em uma jornada para salvar Cephiro das garras do mal.