Num futuro distante, a dependência da humanidade dos combustíveis fósseis levará ao seu esgotamento total, uma crise energética diferente de tudo o que o mundo testemunhou. Por retaliação e medo, a humanidade começou a concentrar-se numa fonte alternativa de energia: a energia solar. Diferentes nações uniram-se para formar três facções principais – a União da Energia Solar e das Nações Livres, a União Europeia Avançada e a Liga da Reforma Humana. Cada um destes setores tem acesso a um gerador de energia solar, o que lhes dá energia ilimitada.

Como resultado, os países que antes dependiam da venda de combustíveis fósseis estão agora mergulhados na pobreza, levando a anos de guerras e conflitos internos pelo controlo da energia solar. Em meio a esse caos, uma organização paramilitar desconhecida apareceu, identificando-se como "Ser Celestial", que aspira acabar com todas as guerras por meio de intervenção armada, usando Mobile Suits misteriosos e tecnologicamente avançados, conhecidos como Gundams.

Mobile Suit Gundam 00 segue a história de Gundam Meisters Setsuna F. Seiei do Celestial Being, Lockon Stratos, Allelujah Haptism e Tieria Erde. Estes quatro mergulham na batalha devastadora entre as três superpotências para cumprir o seu objetivo de mudar o mundo.