Em 73 d.C., as tensões entre os Naturais e os Coordenadores continuam a persistir, eventualmente levando a outra guerra entre a Aliança Terrestre e a PLANT. Sven Cal Bayan é um piloto natural do esquadrão de elite da EA, Phantom Pain, e realiza as várias missões anti-coordenador de seu esquadrão sem falhar. Selene McGriff é pesquisadora coordenadora da Deep Space Survey and Development Organization (DSSD) neutra e desenvolvedora do traje móvel de exploração espacial GSX-401FW Stargazer. Embora os seus antecedentes sejam completamente diferentes, a guerra em expansão forçará, no entanto, os seus caminhos a colidirem.