Tudo começou em 1945, no final da Guerra do Pacífico. Invasores alienígenas encheram os céus da Terra e a humanidade foi forçada a enfrentar uma ameaça sem precedentes. Pela primeira vez na história da humanidade, pessoas de todas as culturas uniram-se sob uma mesma bandeira.

Esta guerra já dura mais de cinquenta anos. Inúmeras vidas foram perdidas e os militares japoneses são agora forçados a contar com jovens como Atsushi Hayami e a sua turma do ensino secundário, também conhecida como Unidade 5121. Esta nova geração luta destemidamente com a ajuda das máquinas de combate humanóides HWT e da devastadora bomba PBE.