Um dia, o clima tão pacífico no Ourin Gakuen muda repentinamente. Kusunoki-sensei, a chamada sub-heroína, junto com a maioria dos alunos assume o controle da escola após um golpe de estado. A diretora é espancada e agora cabe a Yuu Sakurano, Yuzuki Kaede e Nagomi Fujikura retomar a escola dela e devolvê-la aos antigos dias pacíficos.

Este é o início de uma guerra em grande escala, que esta escola nunca viu antes.