O ano é 21XX. Reploids são comuns agora, depois que o Dr. Cain redescobriu o antigo laboratório do Dr. Light e baseou vários designs no original do Dr.Light, chamado "Megaman X". Enquanto isso, X se juntou aos Maverick Hunters e trabalha com o líder da unidade Zero sob o comando do General Sigma. É seu trabalho acabar com os reploids desonestos, aqueles que se tornaram violentos.