Em uma ilha remota, longe do continente, chamada Urashima, um homem chega à costa, sem se lembrar de seu nome ou de sua terra natal. O que ele lembra, porém, é que é um viajante do tempo com uma missão: salvar uma certa garota do perigo. Ao cair da noite, ele conhece Rinne Ohara, uma garota que canta uma música que o lembra de um nome específico - Setsuna - e decide usá-lo como seu.

Conhecendo outro "Setsuna", Rinne o leva para sua casa como servo, esperando que ele seja o mesmo de quem ela se lembra. Por outro lado, Setsuna continua a aprender mais sobre Urashima, desejando identificar o seu passado perdido. Ele passa a conhecer o folclore da ilha, suas três grandes famílias e a doença endêmica que impede qualquer pessoa afetada de sair para a luz do dia.

À medida que os mistérios de suas memórias perdidas e do próprio Urashima se revelam, Setsuna deve se lembrar de seu propósito e cumprir sua missão o mais rápido possível. Mas, ao testemunhar a miríade de problemas que assolam a ilha, Setsuna começa a questionar: será que o seu deslocamento temporal é apenas um esforço para mudar o destino de uma única rapariga?