Shiki Ryougi, Mikiya Kokutou e Touko Aozaki começam a investigar um homem-bomba depois de testemunharem uma explosão próxima. Naquela mesma noite, Shiki avista o homem-bomba e, como resultado, fica obcecado por ela. Para se livrar dela, o louco faz um jogo de gato e rato na tentativa de atraí-la para um estacionamento vazio. E as bombas não são a única coisa que ele tem em seu arsenal: ele também possui a capacidade de ver o futuro e pretende acabar com Shiki.

Em outro lugar, alguns dias antes, uma estudante da Reien Girls' Academy, Shizune Seo, planeja voltar para casa no verão. No entanto, ao sair do ônibus, ela tem uma visão do futuro envolvendo a morte de um estranho próximo. Ao tentar avisar o estranho, ela conhece Mikiya – que consegue utilizar as informações de Shizune de forma eficaz.

Posteriormente, um funcionário é enviado para trabalhar com a filha de 10 anos de seu empregador a reboque. No entanto, o sujeito de sua investigação acaba sendo um fantasma do passado de ambos.

Mirai Fukuin conta as histórias ambientadas durante a linha do tempo principal dos filmes Kara no Kyoukai, bem como uma ambientada no futuro.