Num futuro distante, os humanos abandonaram uma Terra devastada e viajaram para o espaço sideral. No entanto, devido a um fenómeno desconhecido que os impede de viajar para o espaço, a humanidade regressa à Terra apenas para encontrá-la inóspita, exceto para o Japão.

Para acomodar toda a população humana, dimensões de bolso são criadas em todo o Japão para abrigar a população. A fim de encontrar uma maneira de retornar ao espaço sideral, os humanos começaram a reconstituir a história humana de acordo com o Livro Sagrado Testamento. Mas no ano de 1413 da Era do Testamento, as nações de pequenas dimensões invadem e conquistam o Japão, dividindo o território em feudos feudais e forçando os habitantes originais do Japão a partir.

Agora é o ano de 1648 da Era do Testamento, os refugiados do Japão agora vivem no navio-cidade Musashi, onde viaja constantemente pelo Japão enquanto são vigiados pela União do Testamento, a autoridade que dirige a reconstituição da história. No entanto, rumores de um apocalipse e de uma guerra começam a se espalhar quando o Testamento para de revelar o que acontecerá depois de 1648.

Aproveitando esta situação, Toori Aoi, chefe da Federação Suprema da Academia Musashi Ariadust e presidente do conselho estudantil, leva seus colegas de classe a aproveitarem esta oportunidade para reconquistar sua terra natal.