Após a conclusão de Hakuouki, Chizuru Yukimura e os Shinsengumi são forçados a fugir de Kyoto e partir para Edo. Na ausência do comandante Isami Kondou, o vice-comandante Toshizou Hijikata assume o cargo de comandante interino. No entanto, Hijikata não está apenas lutando com os deveres extras de liderança – o que preocupa todos ao seu redor – mas também com uma nova sede de sangue incontrolável. Para piorar a situação, o impulso não o afeta apenas e está até começando a enlouquecer alguns de seus subordinados.

Finalmente, Kondou retorna com ordens do imperador para defender o castelo e um novo nome para seu esquadrão: Kouyou Chinbutai. Mas na guerra, o equilíbrio de poder pode mudar repentinamente e as lealdades podem vacilar. Em Hakuouki Hekketsuroku, Chizuru segue o Shinsengumi até o coração da guerra e continua a busca por seu pai desaparecido, enquanto o vínculo entre ela e Hijikata fica cada vez mais forte.