Espancado e deixado para morrer, Ryuunosuke Ibuki é roubado de tudo em seu nome. Ao vê-lo em um estado tão lamentável, um homem chamado Kamo Serizawa lhe dá uma segunda chance e o oferece para se tornar seu assistente pessoal. Ibuki parece ter sido poupado da dor, mas este novo estilo de vida apenas faz dele nada mais do que um cão para um dos homens mais influentes de toda Quioto.

Enquanto isso, com o aumento dos ataques de ronins à população em geral, o shogunato envia os Roshigumi a Kyoto para lutar pela paz. Liderados pelo honrado, mas de fala mansa, Isami Kondou, os Roshigumi são compostos por samurais fortes e habilidosos, mas carecem de quaisquer conexões políticas significativas para ganhar terreno na cidade atormentada pelo crime. Não tendo outra escolha, Kondou alia-se ao arrogante Serizawa e suas conexões em troca de sua força combativa.

Apesar de odiar tudo o que o samurai representa, Ibuki se vê envolvido nos negócios dos Roshigumi. No entanto, ao interagir com os membros sob a liderança de Kondou, Ibuki lentamente percebe que nem todos os samurais são tão cruéis e desonrosos como ele pensava. Hakuouki Reimeiroku explora os primeiros dias que antecederam a formação do Shinsengumi, enquanto a tensão política em Kyoto dá origem à instabilidade e à incerteza.