“Lógica” é o conceito que rege emoções, habilidades, ideais, memórias e todas as outras propriedades abstratas que constituem a vida em vários mundos. Com o seu poder, no entanto, "Estrangeiros" alienígenas são capazes de passar por portais imbuídos da Lógica de seus respectivos mundos e representar uma ameaça para outros mundos. Para combater este problema, a Outra Agência de Contador Lógico (ALCA) do mundo humano de Septpia emprega "Logicalistas", pessoas com o poder de formar laços com os Estrangeiros que procuram a paz e partilham a sua Lógica, encarregados de lidar com todos os perigos possíveis.

Depois de sobrecarregar seus poderes dois anos antes, Yoshichika Tsurugi perdeu a capacidade de usar a Lógica em combate, o que o torna igual a um cidadão normal. Porém, sua vida logo retorna ao campo de batalha quando ele conhece Atena, uma deusa Estrangeira do mundo do Tetra-Céu. Ela traz para Yoshichika sua Carta Lógica perdida, permitindo que ele se torne um Logicalista mais uma vez. Logo depois, Yoshichika fecha contrato com Athena e se junta à ALCA. Lá, ele conhece outros Logicalistas, e somente trabalhando com eles poderá esperar acabar com as ameaças de uma vez por todas.