Depois de se afastar a anos-luz da Terra, a nave espacial Macross transporta uma cidade de civis e soldados de volta para casa. Eles lutam continuamente contra a ameaça dos Zentradi e Meltrandi, raças alienígenas gigantes com as quais a humanidade trava guerra.

Durante uma batalha, o Macross se transforma em um mecha operado pelo piloto de caça Hikaru Ichijou. Enfrentado por uma série de dificuldades, Hikaru se aproxima do ídolo da cidade, Minmay Lynn. À medida que o relacionamento deles se desenvolve, no entanto, ele é visto de forma desfavorável por outros devido ao status e popularidade de Minmay.

Com a guerra em andamento e o estado da Terra desconhecido, Hikaru e seus colegas soldados lutam contra seus inimigos misteriosos. Durante todo o derramamento de sangue, Hikaru e Minmay tentam manter o controle de seus sentimentos um pelo outro. Minmay coloca seu coração em sua música, o que pode acabar sendo a chave para encontrar a paz.