Depois que uma misteriosa nave espacial cai na Terra, a humanidade percebe que não está sozinha. Temendo uma potencial ameaça vinda do espaço, o mundo põe de lado o seu nacionalismo, os interesses conflitantes e as diferenças culturais, unificando-se sob a bandeira das Nações Unidas. As recém-formadas forças da ONU decidem redirecionar a espaçonave alienígena, batizando-a de SDF-1 Macross. Infelizmente, no dia da sua viagem inaugural, uma frota de naves espaciais pertencentes a uma raça de alienígenas conhecida como Zentradi desce sobre a Terra, e o SDF-1 Macross, agindo por conta própria, abate o esquadrão que se aproxima, desencadeando uma guerra intergaláctica.

Na tentativa de escapar, o Macross tenta se lançar na órbita da Lua, mas a nave - assim como a cidade em que se encontrava - é teletransportada para os confins do espaço. Apanhados nesta confusão estão Hikaru Ichijou, um piloto acrobático de espírito livre, e Minmay Lynn, uma aspirante a cantora. Esses dois, ao lado da tripulação de Macross, vivenciam uma jornada épica repleta de tristeza e drama, ficando cara a cara com as crueldades da guerra ao longo do caminho.