Ocorrendo um ano antes da chegada dos Zentraedi à Terra, Macross Zero narra os dias finais da guerra entre o Spacy da ONU e os anti-ONU. facções. Depois de ser abatido pelo mais novo avião de combate anti-ONU, o ás piloto Shin Kudo se encontra na remota ilha de Mayan, onde a tecnologia é quase inexistente. Enquanto Shin permanece na ilha para curar suas feridas, a tranquilidade da ilha é abalada por uma batalha que envolve o mais novo caça da ONU – o VF-0.