Durante uma tentativa precipitada de salvar seu pai e seu moribundo planeta natal, Eltria, Kyrie Florian é traída por sua amiga de infância, Iris. Além disso, o poder que Kyrie reuniu de Nanoha Takamachi e dos outros protetores da Terra não pode ser usado para ajudar seu pai.

Iris deixa de lado o desesperado Kyrie, tendo adquirido o que desejava para se vingar de Yuri Eberwein, um ser poderoso que permanece adormecido na Terra. Deixada para juntar os cacos, Nanoha e seus aliados devem enfrentar a problemática Iris para descobrir a verdade e acabar com o conflito entre ela e Yuri.

No entanto, em meio às batalhas violentas, uma ameaça muito mais perigosa permanece nas sombras. Não importa o obstáculo, Nanoha permanece diligente e não hesita em ajudar os necessitados com sua magia.