O planeta moribundo de Eltria é o único lar de Kyrie Florian, de sua irmã mais velha, Amitie, e de seus pais, que são cientistas que pesquisam maneiras de salvá-lo. Infelizmente, os Florianos devem deixar o planeta para trás em busca de cuidados médicos para o pai, que contraiu uma doença letal.

Mesmo com tratamento, a taxa de sobrevivência do pai de Kyrie é minúscula. Recusando-se a desistir de seu pai e de Eltria, Kyrie vai contra a vontade de sua irmã e foge de casa para o pacífico planeta Terra em busca de uma solução. Lá, Kyrie e sua amiga de infância, Iris, perseguem os protetores mágicos da Terra – Nanoha Takamachi, Fate Testarossa e Hayate Yagami.

Nanoha e seus companheiros possuem a chave para cumprir o objetivo de Kyrie, e a jovem deve fazer de tudo para obtê-lo. No entanto, é difícil para Kyrie, pois os protetores não cederam facilmente à sua provocação. Além disso, Amitie logo chega à Terra para impedir as ações imprudentes de sua irmã mais nova e trazê-la de volta para casa, complicando ainda mais a já delicada situação.