Nanoha Takamachi, uma estudante comum da terceira série, ama sua família e amigos mais do que qualquer outra coisa. Um dia, depois de ter um sonho estranho em que um furão se machuca, ela vê o mesmo furão na vida real e o resgata. Esse furão é Yuuno Scrya, um mago de outro mundo que está tentando capturar as 21 Jewel Seeds espalhadas antes que elas causem sérios danos ao universo. Yuuno não é poderoso o suficiente para capturar as sementes da joia sozinho, então ele concede a Nanoha o dispositivo inteligente "Raising Heart" e começa a treiná-la como maga.

Infelizmente, as poderosas Jewel Seeds atraem aqueles com más intenções. Outro mago, Fate Testarossa, está desesperado para coletar as sementes para algum propósito desconhecido e sinistro, embora o olhar solene em seus olhos faça Nanoha pensar que há mais no Destino do que aparenta. Mahou Shoujo Lyrical Nanoha: The Movie 1st é uma releitura da série original, que conta a história de dois jovens magos e como suas fortes emoções moldam suas ações.