My-Otome Zwei acontece um ano após os eventos de My-Otome. Arika é agora uma Otome completa (embora ainda esteja sob a tutela da Srta. Maria) e Nagi está encarcerada em uma prisão em algum lugar de Áries. As várias nações estão em paz umas com as outras e planejam manter o S.O.L.T. (Conversas estratégicas sobre limitação de Otome) para discutir a limitação do número de Otome.

Uma missão para destruir um meteoro que ameaça colidir com Earl desencadeia uma cadeia de eventos que resulta em uma misteriosa figura sombria atacando Garderobe e vários Otome, bem como uma versão nova e mais poderosa de Slave aparecendo em todo o planeta. Para piorar a situação, a Rainha Mashiro desaparece após uma discussão com Arika. A série segue a busca de Arika por Mashiro, bem como as tentativas de Garderobe de descobrir a verdade por trás da figura sombria.