Rune Balot é uma prostituta adolescente pobre de Mardock City. Um dia, ela é escolhida por um ambicioso gerente de cassino chamado Shell, que lhe dá tudo o que ela poderia desejar. Renovada por uma falsa inocência, um falso passado e agora pela falsa vida que Shell lhe deu, Balot sente-se grato. No entanto, ela não consegue deixar de ficar curiosa para saber por que ele fez tanto por ela, então ela faz algumas pesquisas sobre o passado dele em um computador. Isso acabou sendo um erro que mudará muito sua vida. Quando Shell descobre o que ela fez, ele tenta queimá-la até a morte, explodindo seu carro.

Devido ao alto índice de criminalidade em Mardock, uma nova lei chamada "Scramble 09" deu carta branca à polícia para tomar medidas extremas e ilegais para reanimar testemunhas de crimes. Pensando nisso, eles permitem que um professor traga Balot de volta da beira da morte remontando todo o seu corpo com fibra sintética reforçada. Quando ela finalmente acorda, seu estado mental confuso eventualmente se transforma em vingança quando Shell é revelado como seu assassino.