Natsume Tomoharu é um estudante normal do ensino médio em todos os sentidos, com uma exceção: ele está sendo seguido pelo fantasma de sua melhor amiga, Misao.

Depois de se mudar para a antiga casa de seu irmão, Tomoharu espera continuar vivendo sua vida normal, mas um dia fica com uma pasta misteriosa e trancada sem qualquer instrução. A princípio ele planeja deixá-lo guardado; no entanto, sua casa logo é invadida por vários grupos de pessoas atrás da pasta. Embora ainda não saibam a finalidade da maleta, Tomoharu e Misao tentam escapar com ela.

A partir daí, Tomoharu tenta aprender os segredos por trás da maleta, as conexões entre ela e Misao e por que ela tem o poder de mudar o mundo.