O mundo foi engolido por uma guerra desesperada de três décadas contra o BETA – uma espécie alienígena que invadiu o planeta em 1973. Em meio a esse caos, um estudante do ensino médio chamado Takeru Shirogane acorda de repente de um pesadelo terrível onde vê a humanidade em total derrota. Logo depois, ele percebe que seu sonho nada mais era do que as lembranças de sua vida em um universo alternativo. Nessas memórias, o projeto Alternativa V é implementado, enviando centenas de milhares de pessoas ao espaço como último recurso para preservar a humanidade, enquanto deixa o bilhão restante na Terra sofrer um destino cruel.

Ansiando por mudar esse futuro sombrio, Takeru se junta a uma base militar em Yokohama, que por acaso é sua antiga escola. Lá, ele consegue convencer o vice-comandante da base e líder do projeto Alternativa IV, Professora Yuuko Kouzuki, a impedir que a Alternativa V aconteça. Para garantir o sucesso da Alternativa IV, Takeru deve pilotar as gigantescas máquinas humanóides Tactical Surface Fighters (TSF) ao lado de seus colegas cadetes. No entanto, ele tem apenas dois meses para completar a sua formação e explorar o seu conhecimento parcial do futuro – para que a tragédia que se segue não aconteça.