Natsume Yuujinchou San segue Takashi Natsume, um garoto que é capaz de ver youkai. Natsume e seu guarda-costas Madara, apelidado de Nyanko-sensei, continuam sua busca para libertar youkai de seus contratos no “Livro dos Amigos”.

Natsume aceita sua habilidade de ver youkai e para de pensar nisso como uma maldição. À medida que passa mais tempo com seus amigos humanos e youkai, ele percebe o quanto valoriza os dois e decide que não precisa escolher entre o mundo espiritual e o humano para ser feliz.