No século 21, os alienígenas chegaram à Terra e vivem entre os humanos. Na sonolenta Enohana, a pobre estudante Chigasaki Mayuko se encontra morando com NieA, um alienígena de casta inferior ("Under Seven"). Enquanto Mayuko luta diligentemente para sobreviver, NieA parece totalmente despreocupada com as consequências de suas ações. Enquanto o estranho casal libera as esperadas faíscas, a nave-mãe alienígena destruída surge ao fundo...