Ren Amamiya, um novo aluno transferido da Academia Shujin, é enviado a Tóquio para morar com seu amigo da família, Sojiro Sakura, após ser injustamente colocado em liberdade condicional por defender uma mulher de agressão sexual. Enquanto estava indo para seu primeiro dia em sua nova escola, Ren percebe que um aplicativo estranho apareceu em seu telefone, transferindo-o para um mundo conhecido como Metaverso, que contém as "sombras" das pessoas: representações distorcidas de seu verdadeiro eu. No Metaverso, ele desperta sua Persona, um poder profundo que lhe dá força para lutar contra as sombras. Com a ajuda de estudantes igualmente problemáticos, ele forma os Ladrões Fantasmas de Corações, tentando salvar as pessoas de seus desejos pecaminosos, "tomando seus corações", fazendo com que os malfeitores se arrependam de suas ações e virem uma nova página. A reputação do grupo continua a crescer explosivamente, trazendo fama tanto positiva quanto negativa.

No entanto, durante o auge de sua popularidade, Ren é capturado e levado sob custódia. Aqui, ele acorda para um duro interrogatório, mas este é interrompido pela chegada de Sae Niijima – um promotor em busca de respostas. Como ela reagirá à história dele e o que acontecerá com os Ladrões Fantasmas?