Num canto obscuro do Japão feudal, uma jovem desajeitada carregando uma caixa enorme procura um ninja lendário. Essa garota é Rangiku Ayawatari – a única sobrevivente do clã Ayuwatari – e ela busca vingança contra Lord Sadayoshi Karimata, o homem que massacrou sua família e roubou os segredos da valiosa coleção de marionetes de seu pai. No entanto, no lugar do lendário ninja, Rangiku encontra Yasaburou Manajiri, um vagabundo que está sendo perseguido por "ninjas imortais" - guerreiros estranhos e destemidos que podem sobreviver a golpes aparentemente fatais. Ao descobrirem que compartilham um inimigo comum, a dupla se une para derrotar o cruel senhor e livrar o mundo de estranhas marionetes que escondem um segredo horrível.