O estudante do ensino médio Makoto Itou percebe Kotonoha Katsura pela primeira vez no início de seu segundo semestre, primeiro ano. Imediatamente ele fica encantado com a beleza dela, mas sua timidez não permite que ele se aproxime dela, apesar de viajarem todos os dias no mesmo trem. Em vez disso, ele tira uma foto dela em segredo e a coloca como papel de parede de seu celular: um amuleto que, se mantido em segredo, supostamente ajudaria você a realizar seu amor. No entanto, a colega de classe Sekai Saionji vê a foto, mas em vez de denunciá-lo, ela se oferece para ajudar a arranjá-lo com Kotonoha - chegando ao ponto de fazer amizade com ela só por ele. Assim, o trio inicia uma amizade um tanto improvisada.

School Days acompanha a vida desses três adolescentes enquanto eles atravessam as alegrias e dificuldades que acompanham o ensino médio. Numa história viva e repleta de romance e melancolia, a história destes três estudantes permanecerá na memória muito depois da importante conclusão.

[Escrito por MAL Rewrite]