Qualquer rede funciona em todo o mundo e o desenvolvimento da rede de informação atinge o seu apogeu. Nesta época, existem dois mundos desenvolvidos; "o mundo real" e "com fio", ou o mundo da rede virtual.

Soma Toru pertence a um grupo de hackers, Steppen Wolf, que circula livremente pelo mundo da rede. Eles atacam o banco de dados das forças da ONU como seu último trabalho. Durante este ataque, ele perde Nonomura Yuya, seu amigo e também líder da equipe. Toru é preso pelo exército. Em troca de libertá-lo, ele tem que trabalhar para uma organização anti-hacker, o primeiro esquadrão do Bureau de Administração de Informações das Forças de Segurança da ONU.

Trabalhando para eles, ele procura a pessoa que matou seu amigo, enquanto os demais integrantes também têm seus próprios motivos para lutar.

As lutas tripartidas entre o grupo terrorista, a empresa de segurança e o exército continuam todos os dias. Os vários eventos ocorridos durante a luta parecem independentes uns dos outros à primeira vista, mas estão convergindo para um evento como se fossem atraídos por alguma coisa.

Baseado no jogo da GIGA.